일반적으로 봄 감자는 10℃ 내외, 가을 감자는 4℃ 내외에 보관하는 것이 좋다. 김치 냉장고나 냉장고의 채소 칸이 좋지만, 많은 양의 감자를 김치 냉장고나 채소 칸에 모두 넣어 둘 수도 없는 일이다. 종이상자에 넣어서 직사광선을 받지 않고 바람이 잘 통하는 그늘에 두거나, 개인 주택이라면 겨울동안 무를 땅속에 묻듯 감자도 땅속에 묻어 두는 것도 좋다.

감자를 장기간 보관할 때 싹이 나지 않게 하려면 잘 익은 사과를 감자 박스안에 한 두개 정도 함께 넣어 두면 좋다. 사과에서는 에틸렌이 발생하는데 이 가스는 과실의 숙성을 촉진하므로 감자가 싹이 나지 않게 도와준다. 처음에 감자를 박스로 사 오면 일단 감자를 모두 꺼내 썩거나 상처 난 감자는 모두 골라내야 한다. 상처가 나거나 썩은 감자가 박스 안에 섞여 있게되면 다른 감자들까지 썩게 만들기 때문이다. 요즘은 연중 감자 생산이 가능하게 되어 언제나 감자를 구매할 수 있기 때문에 조금씩 구입 하는 것이 좋다.

감자가 햇빛에 노출되면 껍질의 색이 녹색으로 변하고 보관 기간이 길어지면 싹이 나게 된다. 이렇게 색이 변한 부분이나 감자의 산에는 솔라닌이라는 독성물질이 있어 날것으로 먹었을 때 식중독을 일으킬 수 있다. 그러나 녹색으로 변한 감자는 익혔다 하더라도 그 부분에서 아린 맛이 강하게 나므로 구입하지 않는 것이 좋다. 만약 집에 보관해 두었던 감자가 초록색으로 변했거나 싹이 났을 때는 조리할 때 모두 잘라 내거나 도려내고 사용해야 한다.

껍질 벗긴 감자를 물에 담가 두거나 끓는 물에 살짝 넣었다 꺼내서 랩으로 싸둔다. 감자의 갈변은 PPO(Polyphenoloxidase)라는 효소가 만들어지면서 일어나는 현상으로 사과나 채소의 껍질을 벗기거나 절단했을 때 갈변되는 것과 같은 현상이다.

이런 현상은 식물세포가 산소에 노출되면서 외부 환경에대한 방어기작으로 일어나기 때문에 우리가 먹었을 때 사람 몸 속에서도 유해한 생물을 죽이는 역할을 한다. 따라서 갈변되는 것은 부패되는 것은 아니며 오히려 항산화 물질이 많이 형성되므로 사람의 몸에는 좋은 현상이라고 할 수 있다. 생즙용으로 먹을 때 갈변되는 것에 대해서 걱정할 필요는 없다.

감자는 껍질 색이 일정하고 껍질의 두께가 얇으며 표면에 흠집이나 검은 반점 혹은 버짐핀 것 같은 자욱이 없는 것이 좋다. 표면에 흠집이 난 것은 금세 썩어서 오래 보관 할수 없을 뿐만 아니라 다른 감자까지 썩게 만든다. 표면의 검은 반점은 감자병 증상으로 가을에서 겨울에 판매되는 감자 중에 이런 감자들이 많다.

껍질이 일어나 있는 경우는 감자를 너무 일찍 수확한 것이므로 맛이 다 들지 않아 무르고 싱겁다. 저장 기간이 길어진 경우 수분의 감소로 표피가 쭈글쭈글하고 색깔이 검어지며 무게가 가벼워지고 맛도 없으므로, 신선한 감자를 고르려면 만져보았을 때 표면이 매끄럽고 단단하며 묵직한 것을 고르는 것이 좋다.

햇감자라고 해도 땅속에서 충분하게 여물지 않은 상태에서 캐는 감자는 껍질이 벗겨지고 전분이 충분하게 축적이 되지 못해서 가볍고 쪘을 때 물기가 많으므로 주의한다. 표면에 물기가 묻어 있는 감자는 오래 보관하기 어렵고 금세 썩으므로 잘 건조되어 있는 것을 고른다.